Elle est répartie, pour l'essentiel dans les deux cantons de Clairvaux-les-Lacs et Saint-Laurent-en-Grandvaux. Cet ensemble de lacs se situe à l'est du cours supérieur de l'Ain (la combe d'Ain), principalement entre Champagnole et Clairvaux-les-Lacs, sur le plateau de Champagnole entre 500 et 800 mètres d'altitude. À l'est, la limite de la région se situe sur le synclinal du Pic de l'Aigle.
À 500 mètres d'altitude, dans des reculées de la combe d'Ain, se trouvent du nord au sud le lac de Chalain et les deux lacs du Val et de Chambly alimentés par le Hérisson. Au sud, proches de l'Ain, se situent les deux lacs de Clairvaux-les-Lacs.
Sur le palier suivant à 800 mètres, toujours du nord au sud, on a sur la commune de Le Frasnois, le complexe des lacs que domine le belvédère de La Chaux-du-Dombief : les deux lacs de Maclu, le lac d'Ilay et le lac de Narlay, avec un peu en aval au nord-ouest le petit lac du Vernois auquel il faut ajouter au nord, sur la commune de Chatelneuf, le lac du Fioget, tout aussi sauvage et réduit. A quelques kilomètres au sud se trouve le lac de Bonlieu d'où sort la petite rivière du Hérisson aux célèbres cascades.
Plus au sud, en direction de Moirans-en-montagne, se trouvent les deux lacs d'Étival et sur la même commune en communication avec les précédents, les minuscules lac de la Fauge et lac de l'Assencière.
La région des lacs n'a pas de limite absolue et on peut lui associer d'autres lacs naturels aux aspects semblables qui ont la même origine géologique mais qui, situés sur le gradin supérieur, sont inclus aujourd'hui dans le Parc naturel régional du Haut-Jura. On trouve ainsi, en direction de Saint-Laurent-en-Grandvaux le petit lac du Ratay dans une tourbière sur les communes de Saint-Pierre et de La Chaux-du-Dombief, au-dessus de laquelle se trouve à près de 900 mètres d'altitude, le lac de l'Abbaye, lui aussi d'origine glaciaire comme de très petits lacs de quelques hectares au pied de la même barre du Mont-Noir : à proximité au sud, les lacs des Bez, le lac des Brenets et des Perrets, et un peu plus au nord, au-delà de Saint-Laurent-en-Grandvaux, des lacs de tourbière assez minuscules (quelques ha) comme le lac-des-Rouges-Truites, le lac de Fort-du-Plasne, encore le Lac à la dame de Foncine-le-bas (2.5 ha).
La carte des lacs du Jura
coucher sur le lac Illay
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